La Roche connaît un XVIe siècle plutôt prospère : grâce aux fran- chises, la ville devient le plus grand centre de foires du Duché de Savoie. Les mesures à grain (1558) rappellent l'ambiance des marchés bruyants et la construction de nombreuses demeures nobles ou bourgeoises, telles que les Maisons "de la Grange" ou de "I'Annonciade", atteste de cet essor.
Par ailleurs, des écoles sont créées dès le XVe siècle et Guillaume Fichet, futur recteur de la Sorbonne, comme Saint-François de Sales, futur évêque de Genève, sont parmi les plus illustres élèves.
Mais ce faste ne doit pas nous faire oublier les deux incendies (1507 - 1530) et les deux épidémies de peste (1542 - 1587) qui marquent durablement de leur sceau macabre la population rochoise. Et dans la nuit du 29 mars 1590, au cœur de la guerre entre le Duc de Savoie et Genève, La Roche est pillée et des habitants massacrés par les Genevois. Le château comtal est sans doute ruiné.