Au XVIle siècle, dans le sillage de la Contre-Réforme catholique et de St-François de Sales, La Roche voit arriver deux congrégations religieuses : la première, celle des moines capucins, s'installe en 1617 à l'emplacement du Château comtal ; les bâtiments en ruine de ce dernier servent à la construction du couvent.
La seconde, celle des Révérendes Dames Ber- nardines, trouve logis au Château de Saix en 1626, avant de construire en 1670, un nouveau monastère dans l'actuel faubourg Saint-Bernard. Ce bâtiment abrite aujourd'hui le collège et lycée Sainte-Marie et sa chapelle, avec un magnifique retable en cours de restauration.
Ensuite, l'occupation espagnole de 1742 à 1748 occasionne la destruction des remparts et le nivellement des fossés. En 1792, l'arrivée des troupes françaises révolutionnaires sonne le glas de la monarchie sarde : les territoires savoyards deviennent le 84e département français sous le nom de département du Mont-Blanc puis du Léman. Ils sont annexés à la France pour 23 ans.
